Ya no podrás ponerle el 4.0 directo de iTunes porque hay una versión superior (4.1).
Para actualizarlo debes considerar que no hay jail para los 3gs (modelo MC) ni tampoco liberación para el baseband (ya que se sube con esa actualización a 05.14.02). Para poder ayudarte dinos si quieres el jail y la liberación o ninguno o cuál.
Para poner una versión anterior a la 4.1, teniendo esa puesta debes hacer downgrade o si tienes una inferior basta con bajar el firm de otro lado y ponerlo, pero eso era antes, actualmente iTunes no deja instalar ningún firm que no sea el más actual y al querer hacerlo lanza errores y solo te deja actualizarlo.
Por otro lado, el que el iPhone 3gs se haya puesto lento debe ser no por el jailbreak, si no por la cantidad de cosa que le instalas o por la cantidad de modificaciones que le haces al equipo, es decir, que tan personalizado lo tengas. Es com en un pc, si le cambias muchas cosas gráficas se pone lento ya que no tiene una tarjeta gráfica tan potente.
Prueba desinstalando cosas que no sean necesarias.