vas a tener que reinstalar windows entonces (porque podrias ocupar particion magic, pero ahi yo no me meto)
borrar bien todas las particiones... y fijarte que solo te quedan 2 unidades y que correspondan a cada disco, o desconecta 1 disco duro y formatea el otro borrandole todas las particiones...
tambien con el administrador de discos puedes echarte 1 disco, o sea, le eliminas todas las particiones, le creas 1 con toda la capacidad, despues desconectas fisicamente el disco que le queden las otras 2 particiones, instalas windows en el disco con 1 particion y cuando haya finalizado, conectas el disco que falta y te piteas las particiones de la misma forma...
algo pajero, pero me extraña que no hayas podido en la primera instalacion de windows