Para la proxima cuando formatees respalda la carpeta iTunes en "mi música"
Luego cuando vuelvas a instalar.. la reemplazas por la de defecto, asi conservaras todo como antes.
Los permisos los puedes revocar simplemente entrando a tu cuenta del store.
Los archivos otros generalmente son archivos que te crean las aplicaciones como descargas y esas cosas.
Puedes entrar mediante SSH y echarle un ojo a que te esta ocupando espacio.
Saludos