como dice los autorun algunas veces lo toma como troyan si no me equivoco, o quisas dentro del pendrive ahi algun crack o algo por el estilo xD en linux de que no ahi virus no es 100% si compilas un codigo y no sabes lo que hace puedes tener el riego que al compilar tengas un virus echo por el dueño dle programa, muchas veces pasa eso los que no saben codigo y compilan no mas, por eso siempre ver el codigo antes de compilar asi no compilas codigo malicioso de otras personas